無菌車間是車間既能達到無塵效果，又能達到無菌效果的一種新有名詞。它是污染控制的源頭。在工廠里，沒有無塵室，污染敏感度高的零件不可能批量生產。被定義為具備空氣過濾、優化、構造材料和組裝的房間，其中特定的規定操作程序是控制空氣懸浮微粒濃度，從而達到其規定的標準。
該車間是指將一定空間范圍內之空氣中的微粒子、有害空氣、細菌等之污染物排除，并將室內之溫度、潔凈度、室內壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內，而所給予特別設計之房間。
無菌車間的生產要求：
1、總平面布置（布局）：建筑物、設備布局與工藝流程三者銜接合理，建筑結構完善，并能滿足生產工藝和質量衛生要求；原料與半成品和成品、生原料與熟食品均應杜絕交叉污染。還應考慮生產工藝對溫、濕度和其分工藝參數的要求，防止毗鄰車間受到干擾。
2、高度：生產廠房的高度應能滿足工藝、衛生要求，以及設備安裝、維護、保養的需要。
3、占地面積：占地面積不能過小。包括主要原料處理、加工、內外包裝等加工車間，不包括辦公室、化驗室、原輔料倉庫及成品倉庫。
4、地面材料：應采用無毒、防滑、易清洗消毒的硬質材料鋪設，有一定的坡度，在較低處應安裝有水封地漏，不得有積水；裝修高度不低于墻裙。天花板應與風管、管道、燈具、風口等的安裝脫開，光滑、無裂縫，易于清洗。
6，門窗材料：應選擇耐受性好、自然變形小、制造誤差小、容易控制縫隙、氣密性好的材料，采用雙層中空玻璃結構的雙層窗，既節約空間、又節約能源，還可以避免玻璃窗結露引起霉變，造成污染；窗盡量采用大玻璃，這樣可減少積灰點，又有利于清潔工作。
